Ο Άγιος Νικόλαος είναι παραθαλάσσιος οικισμός στο νότιο άκρο του νομού Βοιωτίας. Βρίσκεται στον ανατολικό μυχό του κόλπου της Δομβραίνας του Κορινθιακού κόλπου, πάνω στην επαρχιακή οδό που συνδέει την Δομβραίνα με την Αλυκή, σε μέσο σταθμικό υψόμετρο 5. Απέχει 62 χλμ. περίπου ΝΑ. της Λειβαδιάς.[3][4][5]
Ο οικισμός αναγνωρίστηκε το 1981 και προσαρτήθηκε στην κοινότητα Δομβραίνης του νομού Βοιωτίας. Με το ΦΕΚ 244Α - 04/12/1997 αποσπάστηκε από την κοινότητα Δομβραίνης και προσαρτήθηκε στον δήμο Θίσβης. Με το ΦΕΚ 87Α - 07/06/2010 αποσπάστηκε από τον δήμο Θίσβης και προσαρτήθηκε στον δήμο Θηβαίων.[2]